韩国
海牙密使事件的直接影响就是大韩帝国高宗的被迫退位。日本知道这次密使是高宗皇帝派出的，因此虽然对外界声言委任状和皇帝亲笔信是伪造的，却以此为借口对高宗皇帝进行B宫，强迫他退位。在伊藤博文的压力及韩间的作祟之下，高宗不得不于1907年7月19日宣布退位，皇太子李坧即位，是为纯宗。3名密使则在7月20日遭到起诉并进行审判，韩国当局以“官人诈称罪”缺席判处正使李相卨死刑、李儁和李玮钟无期徒刑。在高宗退位的同时，日本还借此机会加强对韩国的控制，在高宗退位5天后便强迫韩国政府签订《第三次日韩协约》（丁未七款条约），剥夺了韩国的司法权，强制解散了大韩帝国军。紧接着又在7月27日和29日内出台了《新闻法》和《保安法》，取消了韩国人民的言论自由、新闻自由、集会自由、结社自由。就这样，日本不仅成功解决了海牙密使事件，还利用这次事件攫取更多特权，加速了日韩合并的进程。
海牙密使事件是大韩帝国统治集团的一次救国运动，高宗企图以外交手段、依靠欧美列强夺回国家主权，但海牙密使事件的失败证明了这条道路是不可行的。海牙密使事件从一开始就不可能成功，海牙和平会议是在当时欧洲大陆两大集团剑拔弩张的状况下，各帝国主义国家为了控制军备竞赛、协调势力范围而召开的会议，殖民主义正是这些帝国主义国家的共同信念，绝对不可能为了一个小国的利益而在这次会议上反目成仇。韩国也完全不知道列强已经默认日本对韩国的侵吞及帝国主义时代的世界大势，高宗皇帝对国际形势缺乏清醒的认识，仍幻想利用列强间的矛盾牵制日本，才导致了这个悲剧的发生。而欧美列强也偷过这次事件摆明了他们对日本的支持态度，浇灭了韩国的幻想。
中国
海牙密使事件亦对当时的中国造成了一定的影响。海牙和平会议上的中国代表陆征祥、驻荷公使钱恂联名向清政府外务部报告称：“月前有三韩人来海牙，自称奉命赴保和会，会中并未接待，而嫌疑已起，遂召事变。”陆征祥又就此事报告称：“中国虽邀入会，而瓜分之说亦腾播于其时……韩之前车殷鉴不远……虽有公理曷敌强权？”为免遭如韩国般的厄运，他建议清廷加紧立宪：“臣愚以为第三次会转瞬即开，倘能先期实行，尤足以塞各国之口，而戢其不逞之心”。事后多年，陆征祥回忆海牙和平会议时唯一提及的就是韩国密使事件，指出此事让他终身难忘，还说这个关系到一个民族生死存亡的问题，可惜自己爱莫能助。
