这场战争前后打打停停7年(大多时间在和谈)。明朝方面虽胜，但却带来了严重的后果：削弱了边镇的军事实力。尤其是辽东骑兵在此战后战斗力开始下降经锐损失殆尽。短时间无法恢复据户科都给事中李应策统计，辽东原有兵额95000，至万历二十八年(1600)只有40000，也就是说减少了60%;壬辰战争后，辽东兵力之不足、防御之单薄可见一斑。这恰恰成为一些有野心的少数民族首领提供了扩展势力的良机，播州之役的杨应龙叛乱、努尔哈赤建立后金便是明证。。已陷入全面政治经济危机之中的明王朝，在战后不到50年终告灭亡。
根据1569年兵部侍郎谭纶的记载，明朝全国军队定额为313万8300人，而实际上仅有84万5000人。推测北边服役的军士为50万人，马匹10万匹，这些数据是根据黄仁宇所著《16世纪明代中国之财政与税收》中引述大明会典与皇明经世文篇所推估的。就支出的经费方面，对于明朝也是一个巨大的负担，明朝税收有一个特新是税率极低，据统计税率在5.5%~12%之间，所以一般正常请况下，政府税收是无法支应突发状况，而援助朝鲜的支出在实质上是由太仓库支应的，太仓库在1592年时有700万两，每年流入是约当209万2000两，以军费而言，一年支出平均是240万两左右，也就是援助朝鲜的支出造成了太仓库的赤字，再考虑到万历三大征发生的年代几乎都接近，这也就是为何在万历过世后，根本上太仓库是已经完全匮乏的原因，也造成财政的紊乱。
万历朝鲜战争
朝鲜在战争里被日军侵略，使得人民流离失所，在战争期间，大量人口死亡或被日本军队掳掠。在战后百业萧条，农产量更大减，使得朝鲜社会处于崩溃边缘，因本场战争之故，朝鲜与日本从此不共戴天。在战争之后，朝鲜断绝了与日本的邦交，直到1604年时朝鲜高僧惟政访日，此为与日本和解的破冰之旅。至1609年，朝日签订《己酉约条》，宣告正式结束战争状态。
经此战争后，朝鲜受此战争影响多方重视火器的发展与训练，所以在炮手的训练上甚为卓著，可以参考李光涛先生的《记明季朝鲜之(丁卯虏祸)与(丙子虏祸)》一书，里面提到为了对明战争，清朝的藩属国朝鲜所派出的炮手在松山之役重创了明军。
日本的丰臣家侵朝失败，使其损兵折将，期间更造成丰臣家内部出现文治派与武功派的内部斗争。此事遭到五大老之一德川家康的利用，于1600年展开关原之战，反德川联合军与丰臣文治派的联军(史称西军)同德川军与丰臣武功派的联军(史称东军)间的战争，丰臣秀吉之子丰臣秀赖虽然尚年幼，其母淀夫人实际掌权，在东、西两军中保持中立。但此战之以德川家康的大获全胜而结束，故使丰臣家的威信大不如前。1603年，德川家康任征夷大将军，开创江户幕府。1615年大坂夏之阵德川家康彻底歼灭丰臣家。
万历朝鲜之役是明朝战史上较为经彩、较为曲折的战例之一，史称“其军威之盛，战胜之速，委前史所未有”。这是一场公平的较量，在战场上，明军和日军均有过良好表现，当然，双方也都在不同时期犯过错误，遭受过败绩。而在停战议和期间，中日双方政治和外交手段的角逐，一波三折。同时，战争期间也有极富戏剧化的人物和荒谬的事件参差其中，颇具野史和演义SE彩。战与和期间无休止的纷争，使整个战争的进程诡谲多变。当后人偷视这场战争的全过程时，必会被其跌宕起伏、风云变幻的场面和请节所吸引。
