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胎儿头颅磁共振是孕期怀疑胎儿头脑异常的一种辅助检查，它可以检查出胎儿是否先天心脑积水、有无神经管畸形(包括无脑儿、脑膨出、脑脊髓膜膨出、脊柱裂等)、囊心腺瘤样畸形等，这些请况一旦确诊，都会建议引产。
磁共振除了能检查胎儿颅脑问题外，还可以对胎儿腹部、胎盘异常等问题进行评估检查。
