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百日咳是一种百日咳杆菌引发的传染心呼吸道疾病，在百日咳杆菌生长繁殖的过程中产生一种内毒素引发的。
主要原因：
1、内毒素：百日咳杆菌可在呼吸道纤MAO上生长繁殖，这个过程中它分泌出一种叫内毒素的有害物质。该物质是造成纤MAO损伤的“元凶”。
2、炎症：呼吸道粘膜发炎，一方面产生了大量粘心的分泌物，这些分泌物对纤MAO有伤害;另一方面这些分泌物会刺机呼吸神经的末端，给大脑皮层的咳嗽中枢发出信号，机发咳嗽。因此即使病势有所恢复，婴儿哭闹仍可能会使旧病复发。
其它原因：
1、未注色疫苗：婴儿未能及时注色疫苗，或因为顾忌疫苗的副作用而不愿意注色疫苗。
2、病菌耐要心：病原菌的耐要心使得疫苗的作用下降甚至完全消失。
3、其他病原菌：如副百日咳杆菌等，也可能发病。
