海外弘法
缅甸是南传的小乘佛教国家，宣扬大乘佛教的中国僧侣为数不多，仰光唯一的中国寺院是龙华寺，慈航法师到仰光，住在龙华寺内。他在仰光那几年，龙华寺的住持是万蕙法师，当家和尚是圆慈，寺中常住是40多人，慈航法师担任讲师，领导常住僧侣，朝暮功课不缺。慈航法师在仰光，联络佛教居士丘宏传、陈宏宣、曾大聪、陈善乐等，于1933年佛诞日，成立了“中国佛学会”，由他任导师，在会中定期演讲，并且要会中居士们也轮流演讲，众人的演讲词，后来由佛学会辑为《仰光中国佛学会通俗演讲录》。
1935年，他由仰光归国，道经香港、粤东抵达上海，然后再溯江而上，历无锡、常州、镇江、南京、桐城、九江、庐山、武汉。所到之处，随缘弘化，各有演讲，这些演讲稿，由武昌“世界佛学苑”的释曙清辑为一本小册子。
慈航法师回国年余，仍回缅甸仰光，以后他活动区域扩大，到新加坡和马来西亚弘法。1939年，太虚大师在战时首都重庆，组织“中国佛教国际访问团”，访问东南亚各佛教国家，沟通海外文化，联络佛教徒感请，并宣扬抗战国策，揭发敌伪音谋。11月中，太虚大师偕团员苇舫、译人陈定谟、侍者王永良等，由昆明出发。预定列为团员的慈舫和惟幻，则由香港赶到缅甸，和大师一行在仰光会合。以后四、五个月，访问团一行由仰光而印度，而锡兰，而新加坡，而吉隆坡等地，先后成立了中缅、中锡、中印等文化协会，完成了一次成功的国民外交。1940年5月，太虚大师一行由星洲乘轮返国，慈航法师仍留在星马等地弘化。
慈航法师在星马地区10年有余，往返各地讲经说法，席不暇暖。他先后创办了星州菩提学院、槟城菩提学院，以及星洲、雪洲、怡保、槟城、马六甲、吉隆坡各地的佛学会，并发行《中国佛学》月刊，南洋华侨普沾法雨，皈依三宝者日众，而他也受到当地信众普遍的尊敬。
赴台传法
1948年，慈航法师在马来亚槟城极乐寺，接了圆瑛法师的法。1948年秋天，慈航法师应中坜圆光寺妙果和尚之请，来台办“台湾佛学院”，佛学院只办了半年就结束。后来由汐止静修禅院住持达心、玄光两位尼师发心，在汐止秀峰山兴建“弥勒内院”，迎他去驻锡，并继续授课。一些大陆来台的学僧纷纷投止，静修禅院的尼师和一些社会居士也从而受学。在那段时间，“弥勒内院”成了台湾的佛学教学中心。
弥勒内院授课采单级制，每日授课6小时，除《楞严》、《楞伽》、《法华》、《华严》，以及《成唯识论》、《大乘起信论》等大乘经论外，兼及《谛闲大师遗集》、《圆瑛法汇》与《太虚大师全书》等作为参考。课程由慈航法师一人讲授，后来增加国文一科，由胡国伟居士讲授。1953年初，道安法师也分担了一部分课程。在弥勒内院亲近慈老的大陆来台学僧，到后来都是法门龙象、佛教经英。这些学僧，包括了中、自立(乘如)、唯慈(日照)、幻生、净海、妙峰、能果、果宗、印海、宏慈、戒视、严持、浩霖、清霖、以德、宽裕、常证、清月、真华等，后来分别在岛内外各地弘化一方，为佛教贡献力量。
在那几年，慈航法师创设了星期念佛会，每星期日在静修禅院举行。他又经常作通俗佛学演讲，他说理圆融，喻解详明，深入浅出，引人入胜，对于接引初机人士，发生了很大的作用。
1953年的旧历除夕，在各方行化的内院学僧，回到内院过年，慈航法师对弟子们说：“我的旧舍(指SE身)已坏，要换新舍，我明年2、3月不走，最迟3、4月就要走。”他并嘱咐各人，不要把消息传出去。果然到翌年旧历四月初四——即1954年5月6日，以脑溢血示寂。
他寂后坐缸，面目如生，俨然老僧入定;封缸后，安葬在后山基塔。5年之后，在1959年5月19日，弟子们开缸检视，发现他肉身不坏，袈裟完好，面呈紫SE，眼睛发亮，耳鼻口俱全，唇尚软，并长出稀疏的头发和髭须，眉MAO亦长了许多。后来经装金后，迎归于弥勒内院安座供养——成为台湾第一尊肉身菩萨。
慈航法师示寂后，弟子们组成“慈航法师永久纪念会”，整理遗稿，印行《慈航法师全集》，计上、中、下3册，内容共5篇，第一篇是《相宗十讲》，第二篇是《大乘起信论讲话》，第三篇是《十二门论讲话》，第四篇是《成唯识论讲话》，第五篇是《菩提心影》，全书130余万言。
身后盛誉
检阅慈航法师的一生，堪称为僧者之表率。他念佛不忘救国，在国难当头之际宣传抗日国策;他奋力护佑青年僧人，成就了今天台湾佛教的兴盛局面;他最早实践台湾“人间佛教”思想，光大了佛教思想在台湾世俗社会的影响;他成为台湾历史上第一尊肉身菩萨，阐释了“舍利者，是戒定慧之所熏修，甚难可得，最上福田”的佛教理想。
