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子宫内膜异位症最典型的症状是继发心痛经，并且逐渐加重。什么意思呢?就是原来没有痛经的出现了痛经，并且越来越重。疼痛主要是在下腹部，多数人是在经期的时候痛，有部分人可能是在月经干净以后痛，也可能表现为在月经前痛，这种疼痛可能会放色到会音部、肛门以及大腿。这个疼痛和病灶的大小不一定完全成正比，大约有40%的人表现为不孕，还有50%的人可能出现心交的时候疼痛、不舒服。
有1/3的人会出现月经异常，可能是经量增多、经期延长，或者是月经前的点滴出血，或者月经淋漓不尽等等。
极少数的子宫内膜异位症，因为异位在其他的器官，比如肠道，可以出现便秘、腹泻甚至少量的便血，出现在膀胱子宫内膜异位症，可能出现尿频和尿痛，极少数人可能出现在肺部，会出现咯血，这种很罕见。
