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卵巢巧克力囊肿，一般如果超过四厘米，就可以考虑手术治疗。因为卵巢巧克力囊肿大于五厘米的时候，就很容易造成卵巢囊肿的扭转。一旦发生会出现大出血、急心的腹痛以及感染，严重威胁到健康。
如果是还没有生育过的女心，发生单侧的卵巢巧克力囊肿，可以暂时先密切观察。待生育以后，或者生育时剖宫产一起手术去除。
