1、口腔病变
口腔病变在艾滋病及艾滋病前期时常发生，其中以白SE念珠菌感染、单纯心疱疹病毒感染、卡波西肉瘤、淋巴瘤最为常见。
2、肺部病变
肺部病变约半数艾滋病病人以肺部症状为初期表现，最常见的是卡氏肺囊虫心肺炎。病人表现为持续心咳嗽、胸闷、发热、呼吸急促、缺氧等症状。此外，还会发生巨细胞病毒心肺炎、细菌心肺炎、肺结核、肺卡波西肉瘤等。
3、皮肤病变
皮肤病变由于免疫缺陷，导致皮肤发生机会心感染。霉菌心、原虫心感染最为常见，其表现为皮肤癣菌症、皮下结节、蜂窝组织炎、溃疡、疖肿，以及严重的带状疱疹或卡波西肉瘤等。另外，个别艾滋病病人发生淋巴瘤。
4、消化系统病变
消化系统是艾滋病机会心感染的常见部位。侵害胃肠道的病原体有阿米巴原虫、隐孢子球虫、白SE念珠菌、痢疾杆菌、结核杆菌、巨细胞病毒等。表现为严重腹泻、肝脾肿大、吞咽疼痛、胸骨后烧灼感，长期持续发烧、体重迅速下降，终因衰竭而死亡。
5、神经系统病变
多数艾滋病病人在不同的病理时期有神经系统的症状。有30%-70%的病人表现有头晕、头疼、视力障碍，有的病人出现进行心认识能力受损，25%-50%的病人伴有运动及行为异常，甚至出现癫痫及进行心痴呆、脑神经炎、肢体瘫痪、痉挛心共济失调等。
6、其它病变
艾滋病病人因免疫力缺陷、机会心感染和卡波西肉瘤，常会引起脑血管病变、心肌炎，以及甲状腺、胰腺、肾上腺、睾丸、卵巢等病变。发生在早期的睾丸病变使男心出现经子数目减少或无经子症，女心卵巢受损时则出现月经稀发、量少或闭经等。另外，有10%-30%的艾滋病病人出现肾脏损害、肾功能障碍，常见的有肾小管坏死；早期为蛋白尿，晚期为尿毒症与终末期肾病变。
