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1.从概念上来区分
益生菌是一种存在于人体肠道内的、对人体能够发挥有益作用的微生物，也就是说，益生菌是一种活的细菌。而益生元则是一种膳食补充剂，通过刺机益生菌的生长和活心从而对人体产生有益的影响，换句话说，益生元是益生菌的“食物”，是没有生命的。
2.从作用上来区分
益生菌可以直接作用于肠道，促进蛋白质水解，碳水化合物分解，合成伦体所需的B族维生素等，有助于食物消化。但是，益生菌有比较明显的针对心，不同的菌种产生的作用是不同的。而益生元并不能直接对人体起作用，它只能通过喂养益生菌间接促进肠道健康。但是，益生元的作用更加多元，除了能为益生菌提供养料，还能抑制有害菌，降低肠道PH值，促进肠道产生免疫蛋白，提高肠道的免疫力。
