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免疫细胞要保护自身细胞的稳定。人体每天有万亿个细胞分裂和增殖，在分裂和增殖过程中总会有少量的细胞，比如癌细胞发生叛变，免疫系统负责清除这些癌变细胞。癌变细胞会无休止地复制繁殖，并扩散到全身。如果机体没有能力及时辨认出癌变细胞，就会造成肿瘤的生长和转移。
免疫系统还担负身体新陈代谢的重要功能，可以清除身体代谢过程中产生的不健全细胞或老化的细胞。因此，有时候免疫系统的自身识别系统可能发生混乱，会不受控制地攻击身体各个系统，导致一些免疫病，比如类风湿关节炎和系统心红斑狼疮。
